果汁
無菌產品已經占領了單包裝（250毫升 ）果汁和飲料市場。這個市場正擴展到其它的產品生產線，包括牛奶飲料、酒、水以及西紅柿產品和一公升大包裝。
奶制品
瑞士的酸牛奶、無菌牛奶或奶酪的加工，以及瑞典的臘腸包裝中經常用到無菌處理。 一些大型設施要求100,000級（ISO8和9級）以上。在美國，Jerome乳酪公司在愛達荷州杰羅姆建造了一個3,600萬美元，面積140,000 平方英尺的乳酪和乳清產品廠。該廠有4個主要加熱和通風系統可輸送高達每分鐘130,000立方英尺的過濾效率為95％的空氣，每小時換氣15到20次。車間采用正壓，空氣從加工區向外流。
公共和商業廚房
在需要準備許多食物的地方利用潔凈室技術是有好處的。在法國Amiens，Sulzer公司為中心廚房設計了潔凈室，那里每天要給在校學生、老年人及城市雇員準備12,000頓飯。Sulzer裝備了ISO 5級（100級）潔凈室，以及必要的加熱和冷藏設施。
釀酒廠
釀酒廠發現，為了保護其生啤酒，在填充操作中必須控制環境污染。采用潔凈室進行封閉式填裝作業，天花板上安裝HEPA過濾器，地板帶孔已經成為發展趨勢。
南美哥倫比亞污染控制公司是一家為食品、醫藥和工業區建造清潔環境的專業公司。該公司在設計中為啤酒、果汁和汽水無菌填裝工藝增加了ISO 5級（100級）和ISO 6級（1,000級）潔凈室。
傳統系統中隧道式巴氏消毒法對產品進行各種高溫處理，得到的產品在物理特性上發生變化。相比之下，對受控巴氏消毒法的無菌充裝采用較低熱處理，可在幾方面改進產品的質量。
在啤酒方面，可改進感官特性，例如香氣味風格和新鮮度。還可提高多數產品的穩定性，延長儲存期。而用于果汁，則避免了象管道巴式消毒法那樣受到長時間高溫處理，因而沒有造成營養損失。結果，香味、口味及顏色等感官性能都得到改善。
肉類加工
美國聯邦農業部一項研究表明，美國的即食肉制品差不多有5％都感染了單核細胞增多性李氏菌（Listeria monocytogenes），一種可以使人致命的食物傳染病菌，可導致敗血癥、腦膜炎或腦膜腦炎（meningo-encephalitis）——一種影響大腦和脊髓組織的疾病。對于孕婦來說，李氏菌屬可引起胚胎夭折和死產。 即食肉制品市場的擴大是增加對潔凈室技術需求的一個因素。瑞典是這一領域的先行者。
面包房
面包房現在正逐漸接受潔凈室技術。日本有許多這種例子。受神戶市的Nada Ward合作機構委托，Chiyoda建筑公司設計了一座通用食品廠。這一工廠有3000m2的建筑面積，是神戶市Rokko島上一個8層高的建筑，它使用了清潔技術。這個工廠生產幾種面包、糖果、大豆豆腐、面條和幾種傳統的日本食品。
糖果工業采用了生物潔凈室技術。新的、越來越復雜的、包裝新穎的糖果產品增加了對受控環境的需求（溫度、濕度、細菌的水平，等等），以及生產過程的自動化，以便保證良好品質和耐久性。
設備
半導體工業和醫藥工業已經越來越多地使用隔離器以提供ISO 4級（10級）或者更好的局部環境?，F在隔離器供應商，例如LaCalhene，在報告中提到，食品飲料工業也采用這項技術，有下列理由：
衛生學——隔離器提供無菌環境，保護產品使其免受來自環境和操作者的污染，免受病原微生物和變異微生物的侵害。
銷售——使用隔離器意味著不用借助于傳統的防腐工藝就可以生產出自然的、無防腐劑的產品，因此，質地和產品的味道都不會受影響。
節省成本——使用隔離器可降低超凈裝置的安裝和運行成本，延長產品儲存期。最普遍和頻繁應用的是產品在無菌條件下配料、切片、填裝和傳送。 隔離器可以用在消毒生產線、試驗裝置和R&D實驗室里。最直接受影響的領域是易腐的飲料、奶制品、冷肉和海鮮、半成品菜、面包房和糕餅，以及鮮品的包裝。
食品飲料工業凈化工程潔凈車間成本隨清潔要求而不同。幾乎沒有ISO 3級和4級（1和10級）裝置。ISO 5級（100級）潔凈室成本是ISO 6級（1,000級）潔凈室的兩倍。成本隨清潔要求的降低（見表2）而大大減少。只有一小部分食品潔凈室利用了ISO 5級（100級）空間。真正經常使用ISO 5級標準的是在諸如填裝生產線那樣的小區域。因此，根據區域而進行的空間劃分對更高級影響很大。
