不同行業的潔凈室有著不同的區別，例如工業潔凈室與生物潔凈室：
1.工業潔凈室
工業潔凈室無生命的粒子控制的對象。潔凈棚主要控制空氣塵粒污染的工作對象，通常內保持正壓。適用于精密機械工業、電子工業、半導體、集成電路、等）航空航天工業、高純度磁產品，原子能工業、化工、輕工業（CD、磁帶、電影制作），LCD（液晶玻璃），計算機硬盤磁頭生產等行業。
2.生物潔凈室
生物潔凈室主要控制生活粒子（細菌）和非生物粒子的污染（塵埃）工作對象?？煞譃椋?/div>
（1）一般生物潔凈室：主要污染控制微生物（細菌）對象。同時其內部材料需要能夠承受各種滅菌劑侵蝕，內部一般保證正壓。本質上其內部材料可以忍受各種各樣的滅菌處理工業潔凈室。例子：制藥行業，醫院手術室、無菌病房）食品，化妝品，飲料生產、動物實驗室、理化檢查房間，血站等。
（2）生物安全潔凈室：微粒污染的主要控制對象與外部世界和人類的生活。內部維護和負壓的氣氛。例子：細菌學實驗室、物理工程、生物學。
